Ljiljan je posvećen boginji Heri, Zevsovoj ženi. Legenda kaže da kada je Zevs začeo Herkulesa sa smrtnom ženom Alkemom, on je poželeo da njegov sin u većem delu bude božanstven. Da bi ovo sproveo on je doveo bebu kod Here nakon što ju je drogama uspavao. On je postavio bebu na njene grudi i tako je Herkules dojen. Hera se probudila užasnuta i iznenađena i odgurnula bebu od sebe. Pritom se malo njenog mleka prosulo po nebesima i oformilo mlečni put. Nekoliko kapljica je palo na zemlju i od tih kapljica su iznikli prvi ljiljani. Rimska legenda kazuje da kada je Venera izronila iz morske pene ona je videla ljiljan i postala ispunjena ljubomornom zavišću jer je bila svedok njegove lepote. Videvši ga kao rivala njenoj sopstvenoj lepoti ona je prouzrokovala veliki i monstruozni tučak da iskoči iz ljiljanovog snežno belog centra. Ovaj mit se računa da je zaslužan za asociranje ljiljana sa Venerom i Satirom koji su personifikacija žestoke požude.
Rani ljiljani su pronađeni u vrtovima Amnisosa, na ostrvu Krit, koji datiraju iz Minojskog perioda, oko 1580 p.n.e. Ljiljani su bili Minojsko sveto cveće, posebni atribut Velike Minojske Boginje Britomartis ili Diktine koja ima njeno poreklo iz neolitskog perioda. Ona je održavala njenu nadmoć, superiornost na Kritu, sve do misteriozne kataklizme koja se dogodila Minojskoj civilizaciji sredinom 16 veka p.n.e. kada je njen kult rapidno asimiliran u Grčku religiju i ona je postala prekursor Grčke boginje Artemide.
To je takođe bio popularan cvet u Antičkoj jevrejskoj civilizaciji. Pomenut je u starom zavetu kao i u novom. Sa napretkom hrišćanstva, ljiljan je postao simbol čednosti i vrline. Ljiljan je postao blisko asociran sa Devicom Marijom, jedna od mnogih primera gde jedan atribut paganskog božanstva (Afrodita, Hera) je adaptiran od strane Hristove majke. Premda je njegova asocijacija sa devičanstvom postala simbol devičanskih mučenika i brojnih svetaca. I u Hrišćanstvu i u popularnim paganskim tradicijama ljiljan je bio simbol plodnosti. Sveti Antoni od Padove, zaštitnik braka, je takođe zaštitnik rađanja. U grčkim bračnim ceremonijama sveštenik je stavljao preko mladine glave krunu od ljiljana ukrašenu pšeničnim klasjem, kao simbol čistote i izobilja.